Asentaminen / päivittäminen

Hei

Musteen asentamisessa/päivittämisessä on varmaan erilaisia koukkuja. Ainakin minä
välillä törmään tilanteisiin, joissa R herjaa erilaisia asioita, ja sitten joutuu säätämään
ja poistelemaan jotain .Rdata, tai .Rhistory tietoja (???), ennen kuin onnistuu.
Samoin tuo .Rprofilen sijainti tuntuu kanssa riippuvan siitä, miten ja minkä R:n käynnistää (??).

Yritin kirjoitella seuraavaa ohjetta, mutta siihen varmaan olisi muilla lisättävää ja korjailtaavaa.
Ja sitten ohje voisi olla tietysti lähtien ihan R:n asennuksesta lähtien.
************

Musteen päivittämisestä

Musteesta pukkaa uutta versiota tämän tästä. Varmaan päivittelyyn on
monia ympäristöriippuvia asioita, mutta listaan tähän joitakin itselleni
tärkeiksi kokemiani asioita (ympäristö on win7/64b)

Ensiksi kannattaa tietysi ladata tiedosto, eli uuden version paketti (zip).
Se käy tietysti kuten minkä tahansa tiedoston lataaminen selaimella, mutta jos
sen haluaa tehdä musteella, niin:

GET http://www.survo.fi/muste/muste_0.5.37.zip

Koska olen laittanut Musteen käynnistymään automaattisesti R:n käynnistymisen
yhteydessä, niin se pitää purkaa päivityksen ajaksi. Käynnistystieto on
.Rprofile-tiedostossa, mutta sen sijainti saattaa riippua siitä, miten ja mikä R käynnistetään.
Tarvittava .Rprofile -tiedosto löytyy helpoiten aktivoimalla Musteessa pelkkä cd-komento.
Pistä mieleesi, missä hakemistossa tämä .Rprofile -tiedosto sijaitsee.

cd                        - siirtyy käynnistyshakemistoon
loadp .Rprofile           - lataa kenttään R:n aloitustiedoston,
                            jossa minulla on yksi rivi:
.First <- function() { library(muste); muste() }

laitan .First-määrittelyn eteen kommenttimerkin # ja tallennan tiedoston:

savep .Rprofile          - varmista, että kentässä ei ole mitään muuta tekstiä seur. rivin jälkeen
#.First <- function() { library(muste); muste() }

Tämän jälkeen suljen Musteen ja R:n - ja käynnistän R:n uudelleen (graafisella
käyttöliittymällä). Valitsen valikosta
Packages -> Install package(s) from local zip... -> valitsen lataamani muste.zip:in
-> onnistunut asennus päätyy ilmoitukseen
package 'muste' successfully unpacked and MD5 sums checked

Tässä vaiheessa suljen R:n ja käynnistän sen uudelleen niin kuin sen yleensäkin
käynnistän (yleensä en käytä graafista versiota, vaan Rterm:iä

Käynnistän  R:ssä musteen komennoilla
library(muste)
muste()

Sitten palautan .Rprofilen taas sellaiseksi, että Muste käynnistyy automaattisesti, eli:
cd - loadp .Rprofile - kommentti merkki pois - savep .Rprofile

Seuraavalla kerralla Muste sitten käynnistyykin taas automaattisesti.

Tässä, miten itse olen toiminut:


Vaiheet Musteen asentamisessa/päivittämisessä


1. Jos kyseessä uuden version päivitys, niin aktivoi R-komento (Musteessa):

R CUR+1,CUR+2
detach("package:muste") # poistaa tuon käytöstä
remove.packages("muste")  # tuhoaa tiedostot

Siis uutta Musteen versiota ennen Muste on poistettava
käytöstä, jotta se voidaan asentaa (R:ssä Packages -> install from local
zip files ). Tähän olisi tietty kiva saada jokin automatiikka :)


2. Tehdään R-profiili, joka avaa Musteen suoraan R:n käynnistysikkunasta (työpöydällä tms.).

a) Käynnistä R ja kirjoita R:n komentoriville library(muste);muste() .

b) luo .Rprofile -tiedosto
SAVEP CUR+1,CUR+1,C:/Users/petri.palmu/Documents/.Rprofile
.First <- function() { library(muste);muste() }

Huom. sijaitsee samassa paikassa kuin muste.apu (ei itse R:n ohjelmakansioissa).

R:n voi myös käynnistää komentoriviltä tähän tyyliin:
>C:\PROGFILES\R-2.15.0\bin\x64\Rgui.exe --sdi

Nuo polut C:\... (ja R:n versio) ovat tietty spesifejä, korvaa ne omilla...

Näillä voi siis luoda Musteen pikakäynnistyksen. Taustalle
käynnistyvä R ei ole Rgui vaan R Console. Muste aukeaa muste.apu
tiedostossa olevien asetusten mukaisesti, joita voi 2-vaiheen yhteydessä
asettaa SYS-komennoin, esim:

SYS edit_font=8,8,0,0 / fonttikoko, x, xpos, ypos
SYS start_size=32,72


Mutta kommentoikaa, täsmentäkää yo...

Muuten, huomasin että /LOAD2 sukro ei toimi yo. tilanteessa oikein. Minulla se avaa R:n 32-bittisen Rgui:n ei siis tuota R Consolea (64 bit). Ja Muste ei avaudu automaattisesti (eikä tietenkään /LOAD2 yhteydessä annettu .EDT tiedosto). Onkohan tuossa /LOAD2 sukrossa, jotain jota pitäisi säätää yo. tilanteeseen?

Kiitos Juha ja Petri asennusvinkeistä ja kokemuksista. Jotenkin vaikuttaa, että päivitysrumba on Windowsilla turhan hankalaa.

Valmistelin asian helpottamiseksi uuden paketin, joka hoitaa asentamiset, päivittämiset ja käynnistämiset automaattisesti.

Jos haluatte kokeilla, niin poistakaa nykyiset .Rprofile-viritykset (kuten olisitte päivittämässä Mustetta) ja asentakaakin automuste-paketti (annan tähän tarkemmat ohjeet jahka saan siirrettyä kaikki tarvittavat paketit oikeaan paikaan). Tuon asentamisen jälkeen Musteen saa käyntiin komennolla automuste(). Tuo luo samalla automaattikäynnistykseen tarvittavan .Rprofilen ja tuolla automuste()-komennolla sellainen luodaan käytössä olevaan työhakemistoon.

Asennuksen jälkeen automuste tarkistaa onko uusia versioita saatavilla ja päivittää ne automaattisesti, jonka jälkeen se käynnistää Musteen. Tämän pitäisi helpottaa päivitysrumbaa merkittävästi!

Automaattipäivityksen aktivoimiseksi käynnistäkää ensin R ja antakaa sitten sen komentoriville käsky

install.packages("automuste",contriburl="http://www.survo.fi/muste")

Paketin asennuksen jälkeen antakaa vielä Musteen käynnistämiseksi komento

library(automuste)

Jos Muste ei (seuraavan) R:n käynnistyksen yhteydessä putkahda automaattisesti näkyviin, niin antakaa uudestaan komento

library(automuste)

Tuon jälkeen Musteen ja siihen liittyvien pakettien pitäisi päivittyä automaattisesti aina kun käynnistätte R:n, jos uusia versioita on saatavilla.

Automuste näyttää toimivan hienosti, kylläpä tekee homman helpoksi :)

No juu, helppoa kuin heinänteko :JVa

Ihailtavan helppoa - taisi tehdä turhaksi kasan sinänsä hyviä ohjeita. :)

Vain APU-tiedosto ("SURVO.APU") pitää päivittää käsin. Vai oliko niin, että sen voisi sijoittaa samaan paikkaan kuin MUSTE.APU, jolloin se ohittaisi "survo"-hakemistossa olevan APU-tiedoston?
- Kimmo

PS. Olen alkanut pitää .First:issä pelkkää library-komentoa, jolloin siirryn manuaalisesti Musteeseen komentamalla R-promptiin
muste()

 - tuo jotenkin mieleen wanhat kunnon SURVO 84C -ajat, jolloin Survo käynnistettiin DOS-promptista komennolla
SURVO
:)

Kimmo Vehkalahti wrote

Vain APU-tiedosto ("SURVO.APU") pitää päivittää käsin. Vai oliko niin, että sen voisi sijoittaa samaan paikkaan kuin MUSTE.APU, jolloin se ohittaisi "survo"-hakemistossa olevan APU-tiedoston?

Tallenna SURVO.APU nimellä MUSTE.APU Musteen luoman tyhjän MUSTE.APUn päälle, niin kaikki sen päivitykset pysyvät mukana vaikka versio vaihtuu. MUSTE.APU luetaan aina ensin ja toisena SURVO.APU Musteen hakemistoista.

Kimmo Vehkalahti wrote

Olen alkanut pitää .First:issä pelkkää library-komentoa, jolloin siirryn manuaalisesti Musteeseen komentamalla R-promptiin

Automuste tekee Musteen käynnistävän .First:in, jos moista ei ole olemassa, mutta sen voi siis ohittaa omalla .First:illä, jos haluaa.

Hyvä. Minulla onkin ollut jo MUSTE.APU. Kokeilen siis yhdistää siihen vanhan SURVO.APUni.

Tuo Musteen käynnistys "käsin" muste()-komennolla on varmasti monen mielestä turhaa, mutta pidän sitä ihan hyvänä opetustilanteessa: siinä ehtii paremmin nähdä, että Muste on aito osa R:ää. (Siirryin myös takaisin R:n GUI:n käyttöön, koska Rterm on niin kömpelö Windowsin alla - esim. leikepöydän käyttö on siinä kovin onnetonta.)

Jostain syystä minulla on edelleen versio 0.5.36 vaikka tein kyllä noi automuste-jutut. Mistäköhän johtuu?

Ainakaan R:n editorissa ei tapahdu mitään tsekkausta:

R version 2.15.0 (2012-03-30)
Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

Loading Tcl/Tk interface ... done
Welcome to Muste! Launch editor using command: muste()

Petri Palmu wrote

Jostain syystä minulla on edelleen versio 0.5.36 vaikka tein kyllä noi automuste-jutut. Mistäköhän johtuu?

Reijo Sund wrote

Jos Muste ei (seuraavan) R:n käynnistyksen yhteydessä putkahda automaattisesti näkyviin, niin antakaa uudestaan komento

library(automuste)

Ja jos tuo ei auta (ei päivittele automaattisesti), niin poista omat käynnistyskuviosi (.Rprofile ja muut mahdolliset .First() -viritelmät) ja käynnistä automuste uudestaan tai vaihtoehtoisesti lisää omiin käynnistyskuvioihisi komento library(automuste) library(muste):en tilalle.

Muste käynnistyy mutta vanha versio pysyy. Tällainen ilmoitus tulee kun yritän tuota library(automuste)
During startup - Warning message:
package ‘muste’ was built under R version 2.15.2
> library(automuste)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'automuste', details:
  call: muste()
  error: Muste editor is already running! Please use sucro /Z to launch a new editor.
In addition: Warning messages:
1: package ‘automuste’ was built under R version 2.15.1
2: In automuste() : Package(s) muste loaded - skipping update.
Error: package/namespace load failed for ‘automuste’
>

Ja kun suljen ja kirjoitan uudelleen
library(automuste)
niin Muste avautuu mutta vanha versio säilyy edelleen.

Musteen avautumisen yhteydessä ladataan myös nuo R:n (omat funktiot), tyyliin:

> # R environment settings in SURVO MM  SURVO.R
>
> options(digits=7)

> # Make an Encapsulated PostScript file
> survo.eps <- function(name,w=1500,h=1500,...)
+    {
+    dmm.inch=0.00393700787402
+    postscript(name, h .... [TRUNCATED]

> # Copy dataframe (frame) to text file (txt) valid for FILE SAVE
> survo.data.txt <- function(frame,txt)
+    {
+    write(c("R_name", names(frame)), .... [TRUNCATED]

jne. (eli Sepon tekemä SURVO.R tiedosto)

Mutta automuste -nimistä funktiota mulle ei kyllä ole...

Petri Palmu wrote

Muste käynnistyy mutta vanha versio pysyy. Tällainen ilmoitus tulee kun yritän tuota library(automuste)
  error: Muste editor is already running! Please use sucro /Z to launch a new editor.
2: In automuste() : Package(s) muste loaded - skipping update.

Ja kun suljen ja kirjoitan uudelleen
library(automuste)
niin Muste avautuu mutta vanha versio säilyy edelleen.

Noiden virheiden ja varoitusten perusteella olet antanut library(automuste)-komennon Musteen ollessa käynnissä, jolloin päivitystä ei voida tehdä. Pelkkä Musteen sulkeminenkaan ei riitä, koska jos on ehditty antaa komento library(muste), niin dll on kuitenkin ladattuna eikä päivitys onnistu. Tämä on tuttua Musteen aikaisemmasta päivitysrumbasta. Jotta saat automusteen asennettua, niin koita poistaa vielä kerran Muste samalla tavalla kuin aikaisemmin joutuit tekemään, käynnistä R uudestaan ja anna sen komentoriville komento library(automuste).

Automusteen idea on siis se, että komento library(automuste) suoritetaan (R:n käynnistyessä) ennen kuin Muste käynnistetään. Tämän automatisoimiseksi automuste luo automaattisesti .Rprofile:n käynnistyshakemistoon, jos sellaista ei siellä valmiiksi ole, jolloin seuraava R:n käynnistäminen käynnistää automaattisesti myös automusteen, joka päivittää Musteen paketit ja käynnistää vasta sitten Musteen.

Siinä tapauksessa, että sinulla on valmisteltuna omat käynnistyskilkkeet (.Rprofile:na tai jotenkin muuten), joissa on .First:issä on mukana Musteen käynnistys (komennot library(muste); muste()), niin moiset komennot pitää korvata automusteen käynnistämisellä eli komennolla library(automuste). Toinen vaihtoehto on poistaa nuo kaikki ja antaa automusteen luoda uusi .Rprofile.

Yritin myös saada tämän automusteen toimimaan ja kohtasin noita samoja ongelmia.
Sitten poistin Musteen Petrin neuvomin funktioin:

detach("package:muste") # poistaa tuon käytöstä
remove.packages("muste")  # tuhoaa tiedostot

mutta nyt kun käynnistän R:n uudelleen, se sanoo:

Error in library(muste) : there is no package called ‘muste’

Olenko ymmärtänyt väärin vai olisiko tarkoitus, että automuste osaisi tarvittaessa asentaa Musteen, jos sitä ei ole ennestään asennettuna? Vai onko se tarkoitettu vain olemassaolevan asennuksen tuoreuttamiseen?

Äh, nyt taisin tajuta taas enemmän... Käskytin R:ää näin:

library(automuste)

ja sehän nimenomaan asensi uuden version 0.5.41 hienosti.

Edellä mainittu virheilmo tuli siitä, että minulla on .First:issä se library(muste).

Nyt toimii! Jes. Viikonlopun viettoon.

Prkl...

Unohdin tosiaan

detach("package:muste") # poistaa tuon käytöstä
remove.packages("muste")  # tuhoaa tiedostot

jotka itse asissa Lipsasen Jari neuvoi mulle (ketjut toimivat... :)

Mutta nyt mullakin toimii, Muste 0.5.41:llä kaasutellaan mutkat suoriksi... melkein kuin Mustang :)

Automustetta pitäisi olla äärimmäisen helppo käyttää, jos Mustetta ei ole asennettu lainkaan. Silloin se hakee Musteen ja muut (virta) paketit ja asentaa ne sekä luo käynnistyshakemistoon .Rprofile:n, joka sisältää .First()-funktion, jolla automuste käynnistetään myös seuraavan R:n käynnistyksen yhteydessä. Automuste käynnistää myös Musteen lopuksi.

Tuon asennus voi olla vähän hankalaa, jos Muste on jo asennettuna ja erityisesti jos on jo luotuna .Rprofile, joka käynnistää Musteen automaattisesti. Silloin nuo omat käynnistyskuviot pitää poistaa tai muuttaa niin, että niissä käynnistetään automuste (eli komennoksi library(automuste) eikä Mustetta (jonka käynnistyskomentona toimivat library(muste);muste()).

Koitin asentaa Musteen R:n versioon 3.0.0. Automuste asentui ok mutta sitten tuli alla oleva virheilmo:

R version 3.0.0 (2013-04-03) -- "Masked Marvel"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

 automuste()
Error: could not find function "automuste"
> library(automuste)
Error: package ‘automuste’ was built before R 3.0.0: please re-install it
>

Petri Palmu wrote

Error: package ‘automuste’ was built before R 3.0.0: please re-install it

Juu tuo on toki tiedossa. Hankaluus on se, että tulee vastaavanlainen ilmoitus, jos yrittää asentaa 3.0.0:lla valmisteltua pakettia vanhempaan versioon eli autopäivitykset toimivat vain yhteen versioon kerrallaan. Kolmoseen voidaan siirtyä jahka R-Forge alkaa tukemaan sitä.

Muste ei näytä aukeavan 2.15.0 R versioni kanssa:

R version 2.15.0 (2012-03-30)
Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.


R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

Loading required package: automuste
Loading required package: muste
Loading Tcl/Tk interface ... done
Error in eval(expr, envir, enclos) :
  could not find function ".getNamespace"
In addition: Warning messages:
1: package ‘automuste’ was built under R version 2.15.1
2: package ‘muste’ was built under R version 3.0.0
Error : unable to load R code in package ‘muste’
> library(muste)
Error in eval(expr, envir, enclos) :
  could not find function ".getNamespace"
In addition: Warning message:
package ‘muste’ was built under R version 3.0.0
Error : unable to load R code in package ‘muste’
Error: package/namespace load failed for ‘muste’
>