Testailin Survo R:n asentamista Linuxissa (Mint) Oracle VM Virtual Boxin "alla".
Terminaalissa: > R > source("http://www.survo.fi/install.R") Alla mitä tulee: ================================================== downloaded 8951 bytes * installing *source* package ‘audio’ ... ** package ‘audio’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for gcc... gcc -std=gnu99 checking whether the C compiler works... no configure: error: in `/tmp/RtmpNuM9Ep/R.INSTALL3086667627c9/audio': configure: error: C compiler cannot create executables See `config.log' for more details ERROR: configuration failed for package ‘audio’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/audio’ * installing *source* package ‘biteR’ ... ** libs gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c bit.c -o bit.o bit.c:7:18: fatal error: math.h: No such file or directory #include <math.h> ^ compilation terminated. make: *** [bit.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘biteR’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/biteR’ * installing *source* package ‘bitops’ ... ** package ‘bitops’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** libs gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c bit-ops.c -o bit-ops.o In file included from bit-ops.c:1:0: /usr/share/R/include/R.h:28:20: fatal error: stdlib.h: No such file or directory #include <stdlib.h> ^ compilation terminated. make: *** [bit-ops.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘bitops’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/bitops’ * installing *source* package ‘gmp’ ... ** package ‘gmp’ successfully unpacked and MD5 sums checked creating cache ./config.cache checking for __gmpz_ui_sub in -lgmp... no configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org ERROR: configuration failed for package ‘gmp’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/gmp’ * installing *source* package ‘muste’ ... ** libs gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O3 -pipe -g -c R_init.c -o R_init.o In file included from R_init.c:2:0: /usr/share/R/include/R.h:28:20: fatal error: stdlib.h: No such file or directory #include <stdlib.h> ^ compilation terminated. make: *** [R_init.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘muste’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/muste’ * installing *source* package ‘RSQLite’ ... ** package ‘RSQLite’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for gcc... gcc -std=gnu99 checking for C compiler default output file name... configure: error: C compiler cannot create executables See `config.log' for more details. ERROR: configuration failed for package ‘RSQLite’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RSQLite’ ERROR: dependency ‘bitops’ is not available for package ‘RCurl’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RCurl’ ERROR: dependency ‘gmp’ is not available for package ‘Rmpfr’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/Rmpfr’ ERROR: dependency ‘RSQLite’ is not available for package ‘RSQLite.extfuns’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RSQLite.extfuns’ ERROR: dependency ‘audio’ is not available for package ‘survo.audio’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/survo.audio’ ERROR: dependencies ‘RSQLite’, ‘RSQLite.extfuns’, ‘muste’ are not available for package ‘virta’ * removing ‘/home/mint/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/virta’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpaKi6Wl/downloaded_packages’ done! ( 9.03 sec) Checking available packages...done! ( 0.01 sec) Checking updates for packages...done! ( 0.01 sec) Loading required package: muste There were 15 warnings (use warnings() to see them) > Ilmeisesti tallentaa paketit tänne: ‘/tmp/RtmpaKi6Wl/downloaded_packages Näyttää että Survo R ei asentunut vai pitääkö noi paketit vielä asentaa? Sijaintiin on vähän vaikea päästä, tai siis joutuu lähtemään pois R:stä. Mitenköhän tässä pitäisi edetä? |
Administrator
|
Sinun pitää ensin asentaa Linuxissa tarvittavat työkalut, kun tuossahan tuli herjaa, ettei edes C-kääntäjä toimi. Mint on Ubuntun johdannainen (joka taasen on Debian johdannainen), joten seuraamalla ohjeita R:n asentamiseen Linuxissa selviää, että: To install the complete R system, use sudo apt-get update sudo apt-get install r-base Users who need to compile R packages from source [e.g. package maintainers, or anyone installing packages with install.packages()] should also install the r-base-dev package: sudo apt-get install r-base-dev Eli myös tuo r-base-dev pitää asentaa, jotta saat lähdekoodilliset paketit asentumaan. |
Joo jäi vähän asentamatta noita juttuja ... nyt näyttää toimivan. Kiitos :)
|
Toimituskenttä aukesi, mutta näppäimistö on erilainen, esim. E tulostuu euromerkkinä ja nuolinäppäimet alas tai ylös heittävät aina noin viitisen riviä tai saraketta kerralla. Funktionnäppäimistä osa toimii, mutta esim F2 ei. Näyttää vähän jumppaamista olevan vielä, että pääsee kunnolla kokeilemaan... :)
Kun Survo R:stä ja R:stä poistuu (F8 + R), niin Mintin terminaali jää jotenkin jumiin, näppäimistö ei tottele mitään. Uudestaan Survo tulee, ku avaa terminaalin + R:n ja sitten: > library(muste) > survo() |
In reply to this post by Reijo Sund
Asensin Ubuntun (Linux) ja Survo R:n editorikin auki. Nyt on pieni ongelma, että saman näppäimen takana olevat ~ ^ (joista ^ edeltää Alt Gr) eivät toimi (ei tule mitään tulostetta).
Lisäksi saman näppäimen alla olevat ` ¸ (vinommat hipsut) ei toimi. Ko. merkit voi kuitenkin kopioida toimituskenttään ihan. Kun merkit toimivat ok esim. terminaalissa, niin mitenköhän saisin toimivaksi Survo R:n toimituskenttään? |
Administrator
|
Näppäimistösi mappaus Linux-asennuksessasi on jotenkin epästandardi eikä ilmeisesti pelitä yhteen asennuksessasi olevan Tcl/Tk:n kanssa. Survossa ei voisi tehdä oikeastaan muuta kuin yrittää manuaalisesti ehdollistaa noiden epästandardiuksien suhteen, mutta siinä on paljon hommaa ja muutokset säteilevät helposti muualle niin, että homma ei enää toimi normaaleissa ympäristöissä toivotulla tavalla. |
No niin... nuo merkit tulevat näytölle, kun editorin avaa (terminaalissa R komennolla).
Mutta sitten kun editorista siirtyy pois ja palaa takaisin, niin näppäimet eivät enää toimikaan. Varsin kummallista? Mielenkiintoinen piirre (kuvassa) on myös, että x^2 näkyy latexin merkinnöin x^{2} tyyppisesti.
|
Laitan tähän vielä, mitä ilmoituksia tulee, kun R:n (ja siten Survo R:n) käynnistää terminaalissa (komennolla R). En tiedä, onko noissa jotain kriittistä, joka vaikuttaa noiden parin näppäinten ongelmiin. Survo R:n ihan ekassa asennussa tuli pitkä listaa kaikeinnäköisiä huomautuksia, mutta en tajunnut ottaa niitä ylös. Jos ne haluaisi toistaa, niin sit ilm. pitäisi poistaa Survo R ja asentaa ihan alusta uudelleen? trying URL 'http://www.survo.fi/src/contrib/Rmpfr_0.5-4.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 536978 bytes (524 Kb) opened URL ================================================== downloaded 524 Kb Loading required package: automuste * installing *source* package \u2018gmp\u2019 ... ** package \u2018gmp\u2019 successfully unpacked and MD5 sums checked creating cache ./config.cache checking for __gmpz_ui_sub in -lgmp... no configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org ERROR: configuration failed for package \u2018gmp\u2019 * removing \u2018/home/pp/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/gmp\u2019 Loading required package: automuste * installing *source* package \u2018RCurl\u2019 ... ** package \u2018RCurl\u2019 successfully unpacked and MD5 sums checked checking for curl-config... no Cannot find curl-config ERROR: configuration failed for package \u2018RCurl\u2019 * removing \u2018/home/pp/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RCurl\u2019 Loading required package: automuste ERROR: dependency \u2018gmp\u2019 is not available for package \u2018Rmpfr\u2019 * removing \u2018/home/pp/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/Rmpfr\u2019 The downloaded source packages are in \u2018/tmp/RtmplVBzAg/downloaded_packages\u2019 done! ( 1.73 sec) Checking available packages...done! ( 0 sec) Checking updates for packages...done! ( 0.01 sec) Loading required package: muste Welcome to Survo R! Launch editor using command: survo() During startup - Warning messages: 1: In install.packages(newpkgs, contriburl = curl) : installation of package \u2018gmp\u2019 had non-zero exit status 2: In install.packages(newpkgs, contriburl = curl) : installation of package \u2018RCurl\u2019 had non-zero exit status 3: In install.packages(newpkgs, contriburl = curl) : installation of package \u2018Rmpfr\u2019 had non-zero exit status > |
Jos nyt oikein ymmärsin, niin ongelma voisi liittyä dead keys hommaan.
Täällä puhutaan että ongelma ilmenee Tcl/Tk shellissä. http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=798426 Viestiketjussa: Hello, Since about yesterday, dead keys do not work on most (almost all) programs on my system. That is, if I type e.g. dead_acute + a it comes out as ´a, instead of á. The Compose key is ignored in the same fashion, so e.g. Compose+'+a produces 'a instead of á. The programs in which this problem appears include Firefox, Epiphany, Gnome Terminal, Gedit, and Tcl/Tk shell - in fact, the only program so far in which I've found the dead keys to work as they should is Mathematica. With respect to Gnome Terminal, there is a way to make dead keys work - namely, to switch the input method from "System" to "Simple". Unfortunately most apps do not have such an input method switcher, so I still cannot write accented characters on Firefox or aMSN (which is Tcl/Tk-based). ... |
Administrator
|
In reply to this post by Petri Palmu
Nuo ilmoitukset eivät näyttäisi liittyvän mitenkään näppäimistön käsittelyyn vaan siihen, että Survon ehdollisesti hyödyntämiä R:n paketteja gmp, Rmpfr tai Curl ei saada asennettua lähdekoodeista (johtuen sinun Linux-asennuksestasi puuttuvista riippuvuuksista). Kokeile asentaa nuo paketit manuaalisesti seuraten Linux-versiosi R:ään liittyviä ohjeita (paketit saattavat olla asennettavissa valmiiksi käännettyinä binaariversioina tai sitten sinun tulee asentaa ensin puuttuvat riippuvuudet). Näppäimistön käsittelyyn ne eivät kuitenkaan siis vaikuta. |
Unohdin äsken mainita, että asensin Survo R:n toiselle koneelle ja tismalleen samat ongelmat tapahtuvat. Tuntuu, että ongelma olisi nyt tossa dead keys -jutussa, Tcl/tk mainitaan siinä.
http://code.google.com/p/ibus/issues/detail?id=526 Dead keys (^`~ etc) don't work in XIM programs
|
Administrator
|
Jos asensit saman Linux-version samalla tavalla, niin saat toki aikaan yhtä toimimattoman ympäristön. Tuo dead keys -asia viittaa siihen, että kyseessä ei siis ole mitenkään Survolle spesifi ongelma vaan jonkin Linux-version johonkin Tcl/Tk:n versioon liittyvä rajoitus. Mutta jos löydät tuohon ongelmaan ratkaisun, niin kerro se ihmeessä täällä. |
Jep, yritän löytää ongelmaan ratkaisua. Jossain keskustelussa oli jonkinlaisia virityksiä, mutta en heti uskaltanut alkaa kokeilemaan :)
TUTSAVE #h / hat-sukro F2-N-H {init}{tempo 0} ^ {end} TUTSAVE #t / tilde-sukro F2-N-T {init}{tempo 0} ~ {end} Noilla apusukroilla pääsen kuitenkin työskentelemään Linux-ympäristössä melko kivuttomasti (siihen asti, kun parempi ratkaisu löytyy...)
|
In reply to this post by Reijo Sund
Tässä puuttuvat asennukset, miten gmp, Rmpfr ja Curl asentuvat oikein tuossa R:n ja Survo R:n käynnistyksessä.
Terminaalissa: sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev sudo apt-get install libxml2-dev sudo apt-get install libmpfr4 sudo apt-get install libmpfr-dev sudo apt-get install libgmp3-dev Nyt ei enää tule noita tiettyjä virheilmoituksia.
|
This post was updated on .
Sain periaatteessa Survo R:n toimimaan Ubuntun 14.04 LTS käyttiksessä.
http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README Edelleen nuo dead keys -ongelmat (^, ~) ovat läsnä (täytyy yrittää löytää ratkaisua). Funktionäppäimet pitäisi myös säätää. Nyt vain osa toimii "totuttuun malliin" Esim. - Rivinpoistolla Alt+F10 on eri merkitys (avaa verkkoyhteyksien hallinnan), sen voi kuitenkin korvata Alt+Delete - Alt+F7 ei tee mitään, sillä pitäisi saada koodi aikaan - F2 + M ei toimi (eli esim. varjomerkit F2 + M + S), onneksi on sukro /S Oikeastaan en ihan ymmärrä, että miten säädöt tulisi tehdä. Esim. miten tuo Alt+F7 konffataan, niin että Survo R sen ymmärtää halutulla tavalla? Yksi tärkeä kysymys on, että kun Linuxissa ei ole Windowsin tapaista Rgui:ta, niin voisiko Survo R:n puolella olla prosessin pysäyttävä näppäimellä tms.? Windowsin Rguissa on Esc (joka lopettaa laskennan). Nyt ei ole oikein keinoa saada pysäytettyä R-laskentaa (siis joka Survo R:ssä tapahtuu komennolla "R a,A" etc.)? |
Administrator
|
Noiden pitäisi ratketa säätämällä Linuxin näppäimistöasetuksia, mutta katsotaan josko olisi mahdollista lisätä jonkin toimivan näppäinyhdistelmän taakse samoin kuten insert-napille on pitänyt tehdä, kun sellaista ei Macista löydy. Itse asiassa voit kyllä kirjoittaa nuokin merkit niin, että painat alt-F7 ja sitten koodin 94 (^) tai 126 (~). Seuraavalla alt-F7 painalluksella tulee sama merkki uudestaan. Jos haluat vaihtaa, niin F2 ja sitten alt-F7 auttaa. Tämä järjestelmäkohtaista säätöä, kun käyttikset nykyään varailevat noita näppäinyhdistelmiä aika runsain mitoin. Yleensä helpohkoa, kunhan vain löytää oikean paikan, missä noita saa muutettua. Perusidea on poistaa noihin liitetyt näppäinoikotiet, jolloin niiden pitäisi vapautua Survon (tai oikeammin Tcl/TK:n) käyttöön eli mitään ihmeellistä konffausta ei tarvita. R-koodin pysäytystä ei voi tehdä Survon puolella, mutta ctrl-C komentorivi-R-ikkunan ollessa valittuna ajaa saman asian. |
This post was updated on .
Joo, näinhän se on (olikin). Windowsissa, jos on raskaampi laskenta, niin tota Esciä (Stop current computation...) ei pääse ihan helpolla painamaan, pitää aina odottaa hetki... En muuten heti löytänyt vastausta, että voiko Linuxilla ajaa noita R-skriptejä vastaavaan tapaan, kuin Windowsissa Rterm:llä? Tällä tavalla tietyt R-prosessit voisi jättää taustalle >> tekniikalla... siis vapauttaa toimituskenttä muuhun käyttöön (toki voi avata uuden R-istunnon ja suorittaa source():lla. Esim. python skriptit toimivat luontevasti :) |
In reply to this post by Petri Palmu
Testailin PRINTiä.
PRINT a>,A> TO hello.ps 1. rivi 2. rivi 3. rivi 4. rivi 5. rivi Hello from Survo R :) /open hello.ps (eli alkaa vasta riviltä 3). Saman tekee myös >gv hello.ps >ps2pdf hello.ps hello.pdf /OPEN hello.pdf / tulee vain virheelinen kuva >gs -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=hello.pdf hello.ps /OPEN hello.pdf / virheellinen kuva >which gs /usr/bin/gs Mikähän noissa voisi olla vikana? Miten tuo ghostscript polku pitäisi asettaa SYSiin? |
In reply to this post by Petri Palmu
Mulla tuo Ubuntu alongside Windows 8. Kovalevy on jaettu kahteen osaan. Ubuntun puolelta Windowsin kamat näkyy
/media/pp/Windows/ alla. Eli sinne voi sitten tehdä noita linkkauksia SYS subst1=C:|/media/pp/Windows/ tai sitten terminaalilla ln -komennolla $ ln -s /media/pp/Windows/ Win etc. Mm. omat sukrot sijaitsevat tuolla Windows:in kansioissa. SYS -toiminnolla ne saa mukaan, mutta huomasin sellaisen piirteen, että Windowsin puolella olevat jutut (esim. sukrot) aktivoituvat toimimaan vasta sitten, kun on käynyt näpäyttämässä ao. Devices -kohdassa: tuota Windows -painiketta (jolloin Windowsin kansiot tulevat näkyviin). Eli ennen kuin käynnistää Survo R:n terminaalissa komennolla: $ R niin ainakin mun pitää käydä "aktivoimassa" tuo /media/pp/Windows/ ... |
In reply to this post by Petri Palmu
Yksi tapa käyttää Survo R:ää olisi RStudio, ks. kuva:
Output tulee "kivasti" RStudion Consoleen ja plotti toiseen ikkunaan. RStudio asennetaan erikseen (Ubuntun) Software Centeristä. Kun RStudio avataan, niin Survo R aukeaa siinä samalla. |
Free forum by Nabble | Edit this page |