Survon käynnistäminen Ubuntu 17.04 ympäristössä

classic Classic list List threaded Threaded
5 messages Options
mjk
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Survon käynnistäminen Ubuntu 17.04 ympäristössä

mjk
Asensin Survo R:n Ubuntu 17.04-käyttöjärjestelmään mielestäni onnistuneesti, mutta en saa sitä käynnistymään Survo-komennolla päätteeltä kuten opastuksen mukaan pitäisi. R:n käynnistämisen jälkeen avautuu uusi ikkuna, jossa lukee "Initializing Survo R" ja vilkkuvan kursorin. Pääteikkunassa kysytään seuraavaa:

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpinetJE/downloaded_packages’
done! ( 3.03 sec)
Checking available packages...done! ( 0 sec)
Checking updates for packages...done! ( 0.01 sec)
Loading required package: muste
Welcome to Survo R! Launch editor using command: survo()


 *** caught segfault ***
address (nil), cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("Muste_Editor", .muste, PACKAGE = "muste")
 2: muste(sucro, config)
 3: survo()
 4: automuste()
 5: fun(libname, pkgname)
 6: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
 7: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
 8: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
 9: tryCatch(fun(libname, pkgname), error = identity)
10: runHook(".onLoad", env, package.lib, package)
11: loadNamespace(package, lib.loc)
12: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
13: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
14: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
15: tryCatch(expr, error = function(e) {    call <- conditionCall(e)    if (!is.null(call)) {        if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch)))             call <- sys.call(-4L)        dcall <- deparse(call)[1L]        prefix <- paste("Error in", dcall, ": ")        LONG <- 75L        msg <- conditionMessage(e)        sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]]        w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w")        if (is.na(w))             w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L],                 type = "b")        if (w > LONG)             prefix <- paste0(prefix, "\n  ")    }    else prefix <- "Error : "    msg <- paste0(prefix, conditionMessage(e), "\n")    .Internal(seterrmessage(msg[1L]))    if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"),         TRUE)) {        cat(msg, file = stderr())        .Internal(printDeferredWarnings())    }    invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))})
16: try({    attr(package, "LibPath") <- which.lib.loc    ns <- loadNamespace(package, lib.loc)    env <- attachNamespace(ns, pos = pos, deps)})
17: library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,     warn.conflicts = warn.conflicts, quietly = quietly)
18: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
19: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
20: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
21: tryCatch(library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE,     logical.return = TRUE, warn.conflicts = warn.conflicts, quietly = quietly),     error = function(e) e)
22: require(automuste)
23: .First()

Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection:

Missä meni vikaan?
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: Survon käynnistäminen Ubuntu 17.04 ympäristössä

Petri Palmu
Sama ongelma on Ubuntu 16 version kanssa. Itse päivitin Ubuntu 14 versiosta, jossa Survo R toimi ok. Toisessa viestiketjussa on neuvottu asentamaan R ja sen paketit kokonaan uudelleen. Ja sitten myös Survo R (itse en vielä ole ehtinyt kokeilemaan, että auttaako asiaan).

mjk wrote
Asensin Survo R:n Ubuntu 17.04-käyttöjärjestelmään mielestäni onnistuneesti, mutta en saa sitä käynnistymään Survo-komennolla päätteeltä kuten opastuksen mukaan pitäisi. R:n käynnistämisen jälkeen avautuu uusi ikkuna, jossa lukee "Initializing Survo R" ja vilkkuvan kursorin. Pääteikkunassa kysytään seuraavaa:

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpinetJE/downloaded_packages’
done! ( 3.03 sec)
Checking available packages...done! ( 0 sec)
Checking updates for packages...done! ( 0.01 sec)
Loading required package: muste
Welcome to Survo R! Launch editor using command: survo()


 *** caught segfault ***
address (nil), cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("Muste_Editor", .muste, PACKAGE = "muste")
 2: muste(sucro, config)
 3: survo()
 4: automuste()
 5: fun(libname, pkgname)
 6: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
 7: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
 8: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
 9: tryCatch(fun(libname, pkgname), error = identity)
10: runHook(".onLoad", env, package.lib, package)
11: loadNamespace(package, lib.loc)
12: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
13: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
14: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
15: tryCatch(expr, error = function(e) {    call <- conditionCall(e)    if (!is.null(call)) {        if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch)))             call <- sys.call(-4L)        dcall <- deparse(call)[1L]        prefix <- paste("Error in", dcall, ": ")        LONG <- 75L        msg <- conditionMessage(e)        sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]]        w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w")        if (is.na(w))             w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L],                 type = "b")        if (w > LONG)             prefix <- paste0(prefix, "\n  ")    }    else prefix <- "Error : "    msg <- paste0(prefix, conditionMessage(e), "\n")    .Internal(seterrmessage(msg[1L]))    if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"),         TRUE)) {        cat(msg, file = stderr())        .Internal(printDeferredWarnings())    }    invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))})
16: try({    attr(package, "LibPath") <- which.lib.loc    ns <- loadNamespace(package, lib.loc)    env <- attachNamespace(ns, pos = pos, deps)})
17: library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,     warn.conflicts = warn.conflicts, quietly = quietly)
18: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
19: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
20: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
21: tryCatch(library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE,     logical.return = TRUE, warn.conflicts = warn.conflicts, quietly = quietly),     error = function(e) e)
22: require(automuste)
23: .First()

Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection:

Missä meni vikaan?
mjk
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: Survon käynnistäminen Ubuntu 17.04 ympäristössä

mjk
Kiitos vinkistä, täytyy kokeilla. Onko tiedossa, kuinka vanhat saa kunnolla poistettua ennen uudelleen asentamista?
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: Survon käynnistäminen Ubuntu 17.04 ympäristössä

Petri Palmu

R:n voi poistaa ihan normaalisti kuten muutkin Linuxin ohjelmat, tähän

https://stackoverflow.com/questions/24118558/complete-remove-and-reinstall-r-including-all-packages

tapaan.

R:n asennetut kirjastot (paketit) poistuvat, kun deletoi libpath kansiosta, myös Survo R asennus lienee libpath mukaisessa kansiossa.

Netissä voi löytyä vielä paremmat ohjeet.

En ole tosiaan vielä itse poistanut R:ää ja asentanut uudelleen. Olisi kiva tietää, onnistuitko :)
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: Survon käynnistäminen Ubuntu 17.04 ympäristössä

Reijo Sund
Administrator
In reply to this post by mjk
Täällä jotain ehdotuksia, mitä voisi koittaa tehdä:
Ubuntu 16 Survo R asentuminen