Survon käynnistäminen Ubuntu 17.04 ympäristössä

Asensin Survo R:n Ubuntu 17.04-käyttöjärjestelmään mielestäni onnistuneesti, mutta en saa sitä käynnistymään Survo-komennolla päätteeltä kuten opastuksen mukaan pitäisi. R:n käynnistämisen jälkeen avautuu uusi ikkuna, jossa lukee "Initializing Survo R" ja vilkkuvan kursorin. Pääteikkunassa kysytään seuraavaa:

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpinetJE/downloaded_packages’
done! ( 3.03 sec)
Checking available packages...done! ( 0 sec)
Checking updates for packages...done! ( 0.01 sec)
Loading required package: muste
Welcome to Survo R! Launch editor using command: survo()


 *** caught segfault ***
address (nil), cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("Muste_Editor", .muste, PACKAGE = "muste")
 2: muste(sucro, config)
 3: survo()
 4: automuste()
 5: fun(libname, pkgname)
 6: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
 7: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
 8: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
 9: tryCatch(fun(libname, pkgname), error = identity)
10: runHook(".onLoad", env, package.lib, package)
11: loadNamespace(package, lib.loc)
12: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
13: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
14: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
15: tryCatch(expr, error = function(e) {    call <- conditionCall(e)    if (!is.null(call)) {        if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch)))             call <- sys.call(-4L)        dcall <- deparse(call)[1L]        prefix <- paste("Error in", dcall, ": ")        LONG <- 75L        msg <- conditionMessage(e)        sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]]        w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w")        if (is.na(w))             w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L],                 type = "b")        if (w > LONG)             prefix <- paste0(prefix, "\n  ")    }    else prefix <- "Error : "    msg <- paste0(prefix, conditionMessage(e), "\n")    .Internal(seterrmessage(msg[1L]))    if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"),         TRUE)) {        cat(msg, file = stderr())        .Internal(printDeferredWarnings())    }    invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))})
16: try({    attr(package, "LibPath") <- which.lib.loc    ns <- loadNamespace(package, lib.loc)    env <- attachNamespace(ns, pos = pos, deps)})
17: library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,     warn.conflicts = warn.conflicts, quietly = quietly)
18: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
19: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
20: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
21: tryCatch(library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE,     logical.return = TRUE, warn.conflicts = warn.conflicts, quietly = quietly),     error = function(e) e)
22: require(automuste)
23: .First()

Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection:

Missä meni vikaan?

Sama ongelma on Ubuntu 16 version kanssa. Itse päivitin Ubuntu 14 versiosta, jossa Survo R toimi ok. Toisessa viestiketjussa on neuvottu asentamaan R ja sen paketit kokonaan uudelleen. Ja sitten myös Survo R (itse en vielä ole ehtinyt kokeilemaan, että auttaako asiaan).

mjk wrote

Asensin Survo R:n Ubuntu 17.04-käyttöjärjestelmään mielestäni onnistuneesti, mutta en saa sitä käynnistymään Survo-komennolla päätteeltä kuten opastuksen mukaan pitäisi. R:n käynnistämisen jälkeen avautuu uusi ikkuna, jossa lukee "Initializing Survo R" ja vilkkuvan kursorin. Pääteikkunassa kysytään seuraavaa:

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpinetJE/downloaded_packages’
done! ( 3.03 sec)
Checking available packages...done! ( 0 sec)
Checking updates for packages...done! ( 0.01 sec)
Loading required package: muste
Welcome to Survo R! Launch editor using command: survo()


 *** caught segfault ***
address (nil), cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("Muste_Editor", .muste, PACKAGE = "muste")
 2: muste(sucro, config)
 3: survo()
 4: automuste()
 5: fun(libname, pkgname)
 6: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
 7: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
 8: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
 9: tryCatch(fun(libname, pkgname), error = identity)
10: runHook(".onLoad", env, package.lib, package)
11: loadNamespace(package, lib.loc)
12: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
13: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
14: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
15: tryCatch(expr, error = function(e) {    call <- conditionCall(e)    if (!is.null(call)) {        if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch)))             call <- sys.call(-4L)        dcall <- deparse(call)[1L]        prefix <- paste("Error in", dcall, ": ")        LONG <- 75L        msg <- conditionMessage(e)        sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]]        w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w")        if (is.na(w))             w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L],                 type = "b")        if (w > LONG)             prefix <- paste0(prefix, "\n  ")    }    else prefix <- "Error : "    msg <- paste0(prefix, conditionMessage(e), "\n")    .Internal(seterrmessage(msg[1L]))    if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"),         TRUE)) {        cat(msg, file = stderr())        .Internal(printDeferredWarnings())    }    invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))})
16: try({    attr(package, "LibPath") <- which.lib.loc    ns <- loadNamespace(package, lib.loc)    env <- attachNamespace(ns, pos = pos, deps)})
17: library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,     warn.conflicts = warn.conflicts, quietly = quietly)
18: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
19: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
20: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
21: tryCatch(library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE,     logical.return = TRUE, warn.conflicts = warn.conflicts, quietly = quietly),     error = function(e) e)
22: require(automuste)
23: .First()

Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection:

Missä meni vikaan?

Kiitos vinkistä, täytyy kokeilla. Onko tiedossa, kuinka vanhat saa kunnolla poistettua ennen uudelleen asentamista?

R:n voi poistaa ihan normaalisti kuten muutkin Linuxin ohjelmat, tähän

https://stackoverflow.com/questions/24118558/complete-remove-and-reinstall-r-including-all-packages

tapaan.

R:n asennetut kirjastot (paketit) poistuvat, kun deletoi libpath kansiosta, myös Survo R asennus lienee libpath mukaisessa kansiossa.

Netissä voi löytyä vielä paremmat ohjeet.

En ole tosiaan vielä itse poistanut R:ää ja asentanut uudelleen. Olisi kiva tietää, onnistuitko :)

Täällä jotain ehdotuksia, mitä voisi koittaa tehdä:
Ubuntu 16 Survo R asentuminen

Jos et ole vielä onnistunut asentamaan Survo R:ää Ubuntu 17.04:een, niin

http://forum.survo.fi/Survo-R-Linuxissa-tp557p766.html
http://forum.survo.fi/Survo-R-Linuxissa-tp557p766.html

tätä voisi kokeilla (testattu Ubuntu 14). Periaatteessa noissa skripteissä ei ole Ubuntun jakeluversioihin liittyvää, joten voivat ihan hyvin toimia tuollaisenaan. Kun skriptit suorittaa, niin terminaalista näkee, onko niissä jotain ongelmaa.

Olisi tosi hyvä, jos Survo R:n saisi toimimaan Ubuntun versioissa tuolla tavalla, kuten olen tossa tehnyt (siis asentamalla R sourcesta ( noiden viestissä olevan kahden skriptin avulla, 2. vaiheen skriptissä on tuo "make install").
Ks. esim. https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/218004217-Building-R-from-source

Voi olla hyvä deletoida R:n versiot, eteknin toi R 3-4.4, jos sen asentaa.